ヒトは37兆個の細胞から構成されていると言われていますが、大腸にはその数倍、数百兆個もの細菌が棲みついています。 これらの細菌が腸内にびっしりと生息している状態は、まるで植物が群生する花畑の様子であることから、「腸内フローラ」（腸内細菌叢/ちょうないさいきんそう）と呼ばれており、近年の研究から、その種類は1000種類以上ではないかと考えられています。
腸内細菌は複雑な共生関係を構築しており、その複雑さゆえに思うような研究が進んでこなかったのですが、ここ数年における遺伝子解析技術の革新により、世界中で腸内細菌の研究が飛躍的に進んでいます。

体にとって様々な良い働きをするビフィズス菌は、腸内細菌の仲間です。乳幼児の腸内では特に菌数が多く、加齢とともに割合がどんどん減少していくことが知られています。腸内細菌のバランスは、加齢も含め様々な要因で変動することが知られていますが、食事の影響が大きいと考えられています。